A
admin
Guest
Broad Institute, Intel ve Google, Biyomedikal Araştırmayı İleri Taşıyor
Broad Institute, Google mühendisliği ve Intel optimizasyonları ile yeni araştırma düzeylerine imkan tanıyor.
Getirdiği Yenilikler: MIT ve Harvard’ın ortak araştırma kuruluşu olan Broad Institute, genomik araştırmaları hızlandırmak için Intel ve Google Cloud ile sürdürdüğü işbirliğinin kararı olarak, iş akışlarını süratli ve uygun maliyetli Google N1 ve N2 örnekleri için optimize etti. Bu işbirliği, iş yüklerinin Google Cloud’daki birinci dağıtımına kıyasla, optimizasydaha sonrasında data sürece maliyetinde %85 oranında bir düşüşle sonuçlandı(1).
“Bulutun büsbütün yeni bir bilgi birleştirme ve işbirliği düzeyine imkan tanıyacağını ve bunun gayeyle, araştırmacıların iş akışlarını başka bilgi kümeleriyle oluşturdukları datalardan daha fazlasında birleştirerek daha güçlü, daha kuvvetli hesaplama deneylerine dönüştürebilecekleri bulut tabanlı bir data ekosistemi yaratmak için diğerleriyle bir arada çalışabileceğimizi biliyorduk.” –Geraldine Van der Auwera, MIT ve Hardvard’ın ortak araştırma kuruluşu Broad Institute’un Bilgi Bilimleri Platformu erişim ve bağlantı yöneticisi
Çalışma Biçimi: Broad Institute, genomik bilgi üretimi ve hesaplamalı araştırma talebindeki çarpıcı artışa ayak uydurmak için iş yüklerini Google Cloud N2 örneklerine taşıdı. Süreç sınırı iş yüklerini modüler hâle getirip, bulut örneklerini iş yükünün gereksinimlerine uygun biçimde boyutlandıran ve Intel® Xeon® Ölçeklenebilir işlemciler için optimize eden Broad Institute kullanıcıları, genomik iş akışlarını Google Cloud üzerinde %25 daha süratli ve %34 daha düşük maliyetle çalıştırabilir. Bunun için, iş yüklerini Xeon Ölçeklenebilir işlemcilerle N2 örneklerine dağıtmaları kâfi.
Intel, 2017 yılından bu yana Broad Institute ile iştirak ederek, kurumun süreç sınırlarının ve Genome Analysis Toolkit’inin (Genom Tahlili Araç Seti – GATK) Intel® Genomics Kernel Library üzere Intel kitaplıklarıyla optimize edilmesine yardımcı oldu. Biliminsanlarının genomik dataları entegre etmesi ve işlemesine yardımcı olacak yeni araçlar ve altyapının dünyanın her yerindeki araştırmacılar ve yazılım mühendisleri tarafınca oluşturulması, optimize edilmesi ve paylaşılmasını sağlayan bir proje olan Intel-Broad Center for Genomic Veri Engineering’i de (Intel-Broad Genomik Data Mühendisliği Merkezi) Intel ve Broad Institute birlikte yönetti.
Intel, Broad Institute’un süreç çizgilerini Google Cloud’da optimize etmesine yardımcı oldu. Örneğin Genome Analysis Toolkit’teki belli çekirdekler, vektör operasyonları için Intel® Advanced Vector Extensions 512 (Intel® AVX-512) ile optimize ediliyor. Optimize edilen depolama işlevlerinin kimileri, Intel® Intelligent Storage Acceleration Library’yi (Akıllı Depo Hızlandırma Kitaplığı – Intel® ISA-L) kullanıyor.
Daha geniş bir ömür bilimleri ekosistemi vizyonunu hayata geçirmek isteyen Broad Institute, Microsoft ve Verily bir arada, dünyanın her yanından biyomedikal araştırmacıların bilgilere erişmesi, tahlil araçlarını kullanımı ve işbirliği yapması için ölçeklenebilir ve inançlı bir platform olan Terra’yı geliştirdi. Terra, Broad Institute’un basitçe ölçeklendirmesine ve insan hastalıklarının tahliline yönelik araştırmalarda araştırma topluluğunu yeni yeteneklerle güçlendirmesine imkan tanıyan bulut altyapısıyla tasarlandı.
niye Kıymetli: Genom bilimi, biyoloji bilimlerinin yapılış biçimini değiştirdi. Broad Institute, Intel ve Google Cloud’un yardımı yardımıyla inovasyonun ön saflarında yer alıyor; genomik araştırmaları kolaylaştırıyor ve hızlandırmaya yardımcı oluyor. İş yüklerini buluta taşıyan ve Google Cloud örnekleri için optimize eden Broad Institute, depolama kapasitesi ve hesaplama yeteneği konusunda karşılaştığı zorlukları ölçeklenebilir ve ileriye dönük bir biçimde çözdü. birlikte oluşturulan Terra platformu ise, Broad Institute’un kendi araştırma gruplarının yanında dünyanın farklı yerlerindeki ömür bilimcileri güçlendirmesini, optimize araçlar ve süreç çizgilerinden yararlanmalarına imkan tanımasını ve biyomedikal araştırmalar için heyecan verici yeni imkanlar sunan birleştirilmiş bir data ekosistemi oluşturmasını sağladı.
Broad Institute, Google mühendisliği ve Intel optimizasyonları ile yeni araştırma düzeylerine imkan tanıyor.
Getirdiği Yenilikler: MIT ve Harvard’ın ortak araştırma kuruluşu olan Broad Institute, genomik araştırmaları hızlandırmak için Intel ve Google Cloud ile sürdürdüğü işbirliğinin kararı olarak, iş akışlarını süratli ve uygun maliyetli Google N1 ve N2 örnekleri için optimize etti. Bu işbirliği, iş yüklerinin Google Cloud’daki birinci dağıtımına kıyasla, optimizasydaha sonrasında data sürece maliyetinde %85 oranında bir düşüşle sonuçlandı(1).
“Bulutun büsbütün yeni bir bilgi birleştirme ve işbirliği düzeyine imkan tanıyacağını ve bunun gayeyle, araştırmacıların iş akışlarını başka bilgi kümeleriyle oluşturdukları datalardan daha fazlasında birleştirerek daha güçlü, daha kuvvetli hesaplama deneylerine dönüştürebilecekleri bulut tabanlı bir data ekosistemi yaratmak için diğerleriyle bir arada çalışabileceğimizi biliyorduk.” –Geraldine Van der Auwera, MIT ve Hardvard’ın ortak araştırma kuruluşu Broad Institute’un Bilgi Bilimleri Platformu erişim ve bağlantı yöneticisi
Çalışma Biçimi: Broad Institute, genomik bilgi üretimi ve hesaplamalı araştırma talebindeki çarpıcı artışa ayak uydurmak için iş yüklerini Google Cloud N2 örneklerine taşıdı. Süreç sınırı iş yüklerini modüler hâle getirip, bulut örneklerini iş yükünün gereksinimlerine uygun biçimde boyutlandıran ve Intel® Xeon® Ölçeklenebilir işlemciler için optimize eden Broad Institute kullanıcıları, genomik iş akışlarını Google Cloud üzerinde %25 daha süratli ve %34 daha düşük maliyetle çalıştırabilir. Bunun için, iş yüklerini Xeon Ölçeklenebilir işlemcilerle N2 örneklerine dağıtmaları kâfi.
Intel, 2017 yılından bu yana Broad Institute ile iştirak ederek, kurumun süreç sınırlarının ve Genome Analysis Toolkit’inin (Genom Tahlili Araç Seti – GATK) Intel® Genomics Kernel Library üzere Intel kitaplıklarıyla optimize edilmesine yardımcı oldu. Biliminsanlarının genomik dataları entegre etmesi ve işlemesine yardımcı olacak yeni araçlar ve altyapının dünyanın her yerindeki araştırmacılar ve yazılım mühendisleri tarafınca oluşturulması, optimize edilmesi ve paylaşılmasını sağlayan bir proje olan Intel-Broad Center for Genomic Veri Engineering’i de (Intel-Broad Genomik Data Mühendisliği Merkezi) Intel ve Broad Institute birlikte yönetti.
Intel, Broad Institute’un süreç çizgilerini Google Cloud’da optimize etmesine yardımcı oldu. Örneğin Genome Analysis Toolkit’teki belli çekirdekler, vektör operasyonları için Intel® Advanced Vector Extensions 512 (Intel® AVX-512) ile optimize ediliyor. Optimize edilen depolama işlevlerinin kimileri, Intel® Intelligent Storage Acceleration Library’yi (Akıllı Depo Hızlandırma Kitaplığı – Intel® ISA-L) kullanıyor.
Daha geniş bir ömür bilimleri ekosistemi vizyonunu hayata geçirmek isteyen Broad Institute, Microsoft ve Verily bir arada, dünyanın her yanından biyomedikal araştırmacıların bilgilere erişmesi, tahlil araçlarını kullanımı ve işbirliği yapması için ölçeklenebilir ve inançlı bir platform olan Terra’yı geliştirdi. Terra, Broad Institute’un basitçe ölçeklendirmesine ve insan hastalıklarının tahliline yönelik araştırmalarda araştırma topluluğunu yeni yeteneklerle güçlendirmesine imkan tanıyan bulut altyapısıyla tasarlandı.
niye Kıymetli: Genom bilimi, biyoloji bilimlerinin yapılış biçimini değiştirdi. Broad Institute, Intel ve Google Cloud’un yardımı yardımıyla inovasyonun ön saflarında yer alıyor; genomik araştırmaları kolaylaştırıyor ve hızlandırmaya yardımcı oluyor. İş yüklerini buluta taşıyan ve Google Cloud örnekleri için optimize eden Broad Institute, depolama kapasitesi ve hesaplama yeteneği konusunda karşılaştığı zorlukları ölçeklenebilir ve ileriye dönük bir biçimde çözdü. birlikte oluşturulan Terra platformu ise, Broad Institute’un kendi araştırma gruplarının yanında dünyanın farklı yerlerindeki ömür bilimcileri güçlendirmesini, optimize araçlar ve süreç çizgilerinden yararlanmalarına imkan tanımasını ve biyomedikal araştırmalar için heyecan verici yeni imkanlar sunan birleştirilmiş bir data ekosistemi oluşturmasını sağladı.